A principal diferença entre a genômica estrutural e funcional é que a genômica estrutural é o estudo da natureza física dos genomas, incluindo o sequenciamento e o mapeamento de genomas, enquanto a genômica funcional é o estudo da expressão e função do genoma.
Genômica é um campo da biologia que diz respeito à estrutura, organização, função, evolução e mapeamento de genomas de organismos vivos. Também inclui o sequenciamento de genomas, a determinação do conjunto completo de proteínas codificadas por um organismo e o funcionamento de genes e vias metabólicas em um organismo. Em palavras simples, a genômica é o estudo em larga escala de um grupo de genes. Portanto, os estudos são conduzidos no nível do genoma. A genômica estrutural e a genômica funcional são os dois ramos principais da genômica. A genômica estrutural se concentra na caracterização e no fornecimento de uma localização para todo o conjunto de genes em um genoma. Em contraste, a genômica funcional concentra-se na função e na propriedade.