A principal diferença entre acetil CoA e acil CoA é que acetil CoA (ou acetil Coenzima A) ajuda no metabolismo de proteínas, carboidratos e lipídios, enquanto acil CoA (ou acil Coenzima A) ajuda no metabolismo de ácidos graxos.
O acetil CoA é muito útil na entrega do grupo acetil ao ciclo de Krebs para a produção de energia. Um grupo acetilo é um grupo funcional que possui a fórmula química -C (O) CH 3. Um grupo acil também é um grupo funcional com a fórmula química –C (O) R, onde o grupo R é uma cadeia lateral de ácido graxo. É útil na produção de energia por meio da conversão em acetil CoA.