A principal diferença entre protostômios e deuterostômios é que nos protostômios o blastóporo se torna a boca, enquanto nos deuterostômios ele se torna o ânus. Outra diferença importante é que os embriões de protostômios sofrem clivagem espiral, enquanto os embriões de deuterostômios sofrem clivagem radial.
Para compreender esses dois termos, seria importante prestar atenção em como ocorre o desenvolvimento embrionário dos organismos. Seria particularmente importante considerar animais com celoma, que é uma cavidade cheia de líquido situada entre o endoderma (intestino) e o mesoderma (principalmente a camada muscular); em outras palavras, celoma é o peritônio em mamíferos. Protostômios e deuterostômios são os dois principais tipos de animais celomados e existem muitas diferenças entre eles. Eles diferem principalmente na forma como sua boca e ânus são formados durante o desenvolvimento embrionário.
