A principal diferença entre alelopatia e antibiose é baseada no tipo de efeito de cada fenômeno. A alelopatia produz efeitos positivos e negativos na relação entre dois ou mais organismos, enquanto a antibiose acarreta efeitos negativos em um dos organismos envolvidos na relação.
A nutrição desempenha um papel importante na sobrevivência dos organismos. Nesse contexto, a relação entre os organismos para a necessidade de nutrientes é vital. Tanto a alelopatia quanto a antibiose são relações que ocorrem entre dois ou mais organismos. No entanto, eles respondem uns aos outros de formas diferentes.
