A principal diferença entre nefrídia e túbulos de Malpighi depende de sua ocorrência nos organismos. A nefrídia está presente em organismos inferiores, como vermes e moluscos, enquanto os túbulos de Malpighi estão presentes nas regiões posteriores de insetos e artrópodes terrestres.
A excreção é um aspecto importante dos organismos vivos. As vias metabólicas geram vários produtos excretores como subprodutos. No entanto, o acúmulo de resíduos em um sistema de corpo vivo é tóxico e prejudicial. Portanto, a presença de um mecanismo para remover resíduos metabólicos do corpo por meio de um sistema de excreção é uma necessidade. Conseqüentemente, diferentes tipos de órgãos excretores estão presentes em diferentes grupos de organismos. A nefrídia e os túbulos de Malpighi são dois exemplos de tais órgãos excretores.
