A principal diferença entre o sangue do cordão e as células-tronco da medula óssea é que as células-tronco do sangue do cordão são as células hematopoiéticas que estão presentes no cordão umbilical do recém-nascido após o parto, enquanto as células-tronco da medula óssea são as células-tronco presentes na medula óssea tecido de indivíduos.
O transplante de células-tronco é um procedimento terapêutico comum em que o paciente recebe uma dose de células formadoras de sangue (tronco) para substituir suas próprias células destruídas por doença ou por outros procedimentos terapêuticos. Tanto as células-tronco do cordão umbilical quanto as células-tronco da medula óssea têm finalidades terapêuticas (transplantes). Portanto, um uso comum dessas células-tronco é substituir as células prejudiciais por outras saudáveis. Clinicamente, as fontes mais comuns de células saudáveis são as células do cordão umbilical e as células da medula óssea.