A principal diferença entre bioacumulação e biomagnificação é que bioacumulação se refere ao acúmulo de uma substância química tóxica no corpo de um organismo vivo, enquanto a biomagnificação é o aumento da concentração de uma substância química tóxica ao longo de uma cadeia alimentar.
As cadeias alimentares são inter-relações importantes entre os organismos nos ecossistemas. Começa com um produtor primário, principalmente uma planta que é fotoautotrófica. As plantas produzem alimentos para si mesmas usando luz solar e fontes de carbono inorgânico. Herbívoros ocupam o segundo nível de uma cadeia alimentar Os próximos níveis são comumente ocupados por onívoros e carnívoros. As cadeias alimentares explicam muito bem a dependência de cada nível de alimento. Da mesma forma, a comida produzida no nível inferior é passada para os níveis superiores. Junto com a comida, quaisquer substâncias nos níveis tróficos inferiores também podem ser passadas para os níveis superiores junto com os nutrientes. Bioacumulação e biomagnificação são dois fenômenos relacionados à passagem de substâncias nocivas ao longo das cadeias alimentares para os níveis superiores.