A principal diferença entre pré-zigótico e pós-zigótico é que o pré-zigótico é um mecanismo de isolamento reprodutivo, que impede a fertilização do ovo, enquanto o pós-zigótico é um mecanismo de isolamento reprodutivo, que impede a formação de descendentes viáveis ou férteis.
Uma espécie é um grupo de organismos que podem se reproduzir sexualmente uns com os outros na natureza e produzir descendentes férteis. No aspecto evolutivo, a especiação é um conceito importante. A espécie é um grupo isolado reprodutivamente. Pré-zigótico e pós-zigótico são os dois principais mecanismos de isolamento reprodutivo. O isolamento reprodutivo que ocorre antes da fertilização é o isolamento pré-zigótico. Já o isolamento reprodutivo que ocorre após a fertilização e evita que o ovo fertilizado se torne uma prole fértil é o isolamento pós-zigótico.
