A principal diferença entre parcimônia máxima e probabilidade máxima depende do método usado no desenvolvimento da árvore filogenética. A parcimônia máxima se concentra na minimização dos estados de caractere total durante a construção da árvore filogenética, enquanto a probabilidade máxima é uma abordagem estatística no desenho da árvore filogenética, dependendo da probabilidade entre os dados genéticos.
A filogenia é a nova abordagem para a classificação e nomenclatura dos organismos. A filogenia depende de dados genéticos e relações evolutivas. Os dados genéticos são resultado do sequenciamento do DNA. Na filogenia, a classificação dos organismos ocorre com base no ancestral comum. A parcimônia máxima e a probabilidade máxima de uma relação filogenética aumentam a precisão e a confiabilidade de uma árvore filogenética.
