A principal diferença entre proteômica e metabolômica é que a proteômica é o estudo de todas as proteínas de um organismo, enquanto a metabolômica é o estudo de todos os metabólitos de um organismo.
Genômica é o estudo da composição genética de um organismo. Proteômica e metabolômica são duas ciências ômicas relacionadas à genômica. Proteoma se refere a todas as proteínas em uma célula ou organismo. Metaboloma, por outro lado, refere-se a todos os metabólitos de um organismo. Assim, o estudo do proteoma é a proteômica enquanto o estudo do metaboloma é a metabolômica. Tanto a proteômica quanto a metabolômica são importantes no diagnóstico de doenças e na caracterização e triagem de organismos. Além disso, ambos estão conectados em muitos aspectos da biologia celular, especialmente na sinalização celular, degradação e geração de proteínas e modificação pós-tradução.
