A principal diferença entre encaixe molecular e pontuação é que a ancoragem é uma técnica usada para determinar a afinidade de ligação entre duas moléculas, enquanto a pontuação é um processo de avaliação de uma postura particular contando o número de interações intermoleculares favoráveis.
Os termos docking e pontuação molecular são usados no campo da modelagem molecular. A modelagem molecular é uma técnica usada para determinar os possíveis arranjos de diferentes moléculas em uma determinada substância. Esta técnica é importante na criação de novos compostos estáveis.
