A principal diferença entre a autoincompatibilidade gametofítica e esporofítica é que no sistema de auto-incompatibilidade gametofítica, o fenótipo do pólen é determinado por seu genótipo haploide gametofítico, enquanto na auto-incompatibilidade esporofítica, o fenótipo do pólen é determinado pelo genótipo diplóide da planta.
A auto-incompatibilidade é um mecanismo de controle da polinização nas plantas. Previne principalmente a autopolinização e reforça a polinização cruzada, que é uma vantagem evolutiva. A autoincompatibilidade ocorre como resultado de interações químicas negativas entre o pólen e o tecido estilístico dentro do mesmo alelo. Embora o pólen e os pistilos sejam viáveis e férteis, a germinação do pólen não ocorre nessas plantas. Quando a germinação do pólen não ocorre, o tubo polínico não pode se formar. Então, o pólen não consegue entregar gametas masculinos em gametas femininos para fertilização. Como resultado, eles não podem produzir sementes.
Existem dois sistemas principais de auto-incompatibilidade: auto-incompatibilidade gametofítica e auto-incompatibilidade esporofítica. Eles são sistemas de auto-incompatibilidade de locus único que são baseados em um único locus multi-alélico (S). Este locus consiste em um pistilo que expressa o gene S e um pólen que expressa o gene S.
