A principal diferença entre a prostaglandina E1 e a E2 é que a prostaglandina E1 (PGE1) é um fator antiinflamatório, enquanto a prostaglandina E2 (PGE2) é um fator pró-inflamatório.
As prostaglandinas são compostos derivados de lipídios que têm uma função semelhante a um hormônio. Eles podem atuar como compostos autócrinos ou parácrinos, causando efeitos antagônicos ou sinérgicos nos organismos vivos. A prostaglandina E1 e a prostaglandina E2 são dois tipos e diferem quanto à funcionalidade na inflamação. Ambas as prostaglandinas E1 e E2 pertencem à mesma família da prostaglandina E2, e sua base de reação e seus efeitos ainda não foram completamente elucidados. Eles são usados no tratamento de vários mecanismos bioquímicos em seres vivos.