A principal diferença entre as cromátides irmãs e não irmãs é que as cromátides irmãs são idênticas e contêm o mesmo alelo nos mesmos loci, enquanto as cromátides não irmãs não são idênticas e contêm alelos diferentes do mesmo gene nos mesmos loci.
Os dois tipos de cromátides encontrados na célula que sofrem divisão celular são cromátides irmãs e cromátides não-irmãs. Geralmente, as cromátides se formam durante os estágios iniciais da divisão celular. Por outro lado, as cromátides não irmãs se formam durante a metáfase I da meiose. Eles estão presentes no par de cromossomos homólogos no equador celular, enquanto as cromátides irmãs estão presentes no mesmo cromossomo. Além disso, o centrômero do cromossomo une as duas cromátides irmãs.
