A principal diferença entre endossimbiose e invaginação é que a endossimbiose é uma teoria que explica a origem das mitocôndrias e cloroplastos dentro da célula eucariótica, enquanto a invaginação é um processo que explica a origem do núcleo e outras organelas celulares através da formação de invaginação a partir do plasma membrana para o interior da célula.
Os cientistas acreditam que as células eucarióticas evoluíram de células procarióticas. Eles desenvolveram muitas teorias para explicar como essa evolução ocorreu. A endossimbiose é uma das teorias que explica a origem das mitocôndrias e do cloroplasto no interior das células eucarióticas das bactérias procarióticas. Já a invaginação é um processo que explica a origem do núcleo e de outras organelas ligadas à membrana dentro da célula eucariótica.
