A principal diferença entre endotoxina e exotoxina é que a endotoxina é um lipopolissacarídeo que fica dentro da parede da célula bacteriana, enquanto a exotoxina é uma proteína que se secreta para o exterior da célula bacteriana.
A toxigênese é o processo de produção de toxinas por bactérias patogênicas. É um dos principais mecanismos que as bactérias usam para causar doenças. Existem dois tipos de toxinas bacterianas como endotoxinas e exotoxinas. Existe uma diferença entre endotoxina e exotoxina estrutural e quimicamente. Além disso, eles agem de forma diferente nos organismos vivos. Geralmente, as endotoxinas são lipopolissacarídeos, enquanto as exotoxinas são proteínas.