A principal diferença entre distância genética e distância física é o tipo de sequência usada na análise da distância entre duas populações da mesma espécie. A distância genética mede a divergência genética entre espécies ou entre populações dentro de uma espécie, enquanto a distância física mede o número de nucleotídeos entre os dois marcadores.
A distância genética e a distância física fornecem uma visão sobre as relações evolutivas entre duas populações de uma espécie. Portanto, os mapas de distância fornecem ligações de populações com base em dados genéticos. O sequenciamento do genoma e a análise bioinformática desempenham um papel importante na determinação das distâncias genéticas e físicas.
