A principal diferença entre genocopia e fenocopia é que nas genocópias, os fenótipos mostram semelhança e o genótipo se altera, enquanto na fenocopia, os fenótipos variam e o genótipo permanece inalterado.
A disparidade entre genocopia e fenocopia está envolvida na explicação das raras ocorrências da genética. Os dois conceitos demonstram como a genética tradicional ou genética mendeliana pode variar com base nas exceções da natureza. Genocopia se refere ao fenômeno de dar um fenótipo semelhante, apesar de ter um genótipo diferente. Em contraste, fenocopia se refere ao fenômeno de ter fenótipos variados, apesar do genótipo permanecer inalterado.