A principal diferença entre o Mapa Genético e o Mapa Físico está nas técnicas usadas no mapeamento do genoma. Ao gerar um mapa genético, marcadores genéticos e loci genéticos são usados para estudar os padrões de ligação de genes, enquanto o mapeamento físico usa técnicas de biologia molecular, como Polimorfismo de Fragmento de Restrição (RFLP) e técnicas de hibridização.
Mapas genéticos e mapas físicos são dois tipos de mapas construídos para mostrar os genes localizados nos cromossomos. Eles envolvem no diagnóstico genético e para prever a evolução da análise do genoma. Além disso, eles usam para analisar as distâncias entre loci de genes e para analisar polimorfismos de genes.