A principal diferença entre ectomicorrizas e endomicorrizas é que as hifas fúngicas não penetram nas células corticais das raízes das plantas nas ectomicorrizas, enquanto as hifas fúngicas penetram nas células corticais das raízes das plantas nas endomicorrizas.
As micorrizas são uma importante relação simbiótica que ocorre entre fungos e raízes de plantas superiores. Tanto fungos quanto plantas recebem benefícios dessa associação. As hifas fúngicas penetram no solo e trazem nutrientes para as plantas, enquanto as plantas também fornecem benefícios para os fungos. Portanto, é uma relação ecologicamente importante. Mais importante ainda, as hifas fúngicas podem crescer vários metros e transportar água e nutrientes, especialmente nitrogênio, fósforo e potássio para as raízes. Além disso, a associação micorrízica protege a planta dos patógenos radiculares. Portanto, os sintomas de deficiência de nutrientes são menos prováveis de ocorrer em plantas que estão nessas associações simbióticas. Existem dois tipos de micorrizas: ectomicorrizas e endomicorrizas.