A principal diferença entre QTL e GWAS depende do tipo de sequências usadas na análise. QTL usa loci de gene de ligação para analisar características fenotípicas associadas à herança poligênica, enquanto GWAS usa sequências de genoma inteiras para analisar polimorfismos de nucleotídeo único de uma condição particular.
Os mapas QTL e GWAS desempenham um papel importante nas análises genéticas para diferentes características. Além disso, eles são importantes na análise de várias condições de doença com etiologia desconhecida. Além disso, o sequenciamento desempenha um papel fundamental em ambas as técnicas. Essas técnicas podem ainda ser combinadas com outras técnicas de alto rendimento para maior exatidão e precisão.
