A principal diferença entre zooidogamia e sifonogamia é que zooidogamia é uma condição na qual os gametas masculinos nadam na água para alcançar seus gametas femininos, enquanto a sifonogamia é uma condição em que os tubos polínicos são desenvolvidos para transportar gametas masculinos para gametas femininos.
A reprodução sexual ocorre de maneiras diferentes entre diferentes grupos de plantas. Para completar a fertilização, os gametas masculinos devem atingir os gametas femininos. Zooidogamia e sifonogamia são duas maneiras que explicam como os gametas masculinos viajam em direção aos gametas femininos. Na zooidogamia, os gametas masculinos nadam em direção aos gametas femininos, enquanto na sifonogamia, os gametas masculinos viajam através de um tubo polínico em direção aos gametas femininos. Por exemplo, algas, briófitas, pteridófitas e algumas gimnospermas exibem zooidogamia, enquanto as plantas com sementes mostram sifonogamia.
