A principal diferença entre o transplante alogênico e autólogo depende da fonte das células-tronco para o transplante. O transplante alogênico usa novas células-tronco de um doador diferente, enquanto o transplante autólogo usa células-tronco do próprio paciente.
As células-tronco são células indiferenciadas que podem se dividir e se diferenciar em diferentes outros tipos de células. Conseqüentemente, essas células têm a capacidade de se auto-renovar. Portanto, eles são a base de nossos órgãos e tecidos. Além disso, atuam como um sistema de reparo do nosso corpo. Como as células-tronco são capazes de produzir mais células-filhas do mesmo tipo ou se diferenciar em tipos específicos de células, elas são usadas em terapias com células-tronco para substituir tecidos com defeito ou doentes por tecidos saudáveis. A terapia com células-tronco pode ser alogênica ou autóloga. Depende das novas células-tronco usadas para substituir o tecido no transplante. Na terapia com células-tronco, se as células-tronco utilizadas forem do próprio paciente, é conhecido como transplante autólogo. Mas, se for de um doador diferente, é chamado de transplante alogênico.