A principal diferença entre micronúcleo e macronúcleo é que o micronúcleo é o núcleo menor que contém o genoma da linha germinativa dos protozoários ciliados, enquanto o macronúcleo é o maior núcleo, contendo o genoma somático dos protozoários ciliados.
Dimorfismo nuclear é o fenômeno de ter dois tipos diferentes de núcleos na mesma célula. É uma característica especial presente nos ciliados protozoários e em alguns foraminíferos. Esses dois núcleos são o macronúcleo e o micronúcleo. Eles contêm genomas separados. O macronúcleo é o maior que controla o metabolismo dos protozoários ciliados, enquanto o micronúcleo é o menor que realiza funções reprodutivas e gera o macronúcleo.
